在物流服務質量管理體系的運行過程中，為了確保物流服務質量的產生、形成和實現，滿足客戶的需要，需要對物流市場開發過程、物流服務設計過程、物流服務提供過程進行有效地控制。
(1)物流市場開發過程的質量控制重點。物流市場開發過程的質量控制重點是物流服務市場的分析和物流服務產品的定位，以及在此基礎上形成的物流企業可接受并且有能力實現的物流服務內容和服務要求，即物流服務提要。
(2)物流服務設計過程的質量控制重點。物流服務設計過程的質量控制重點是確定物流服務方案、編制物流服務規范，為確保物流服務規范符合物流服務提要的要求和客戶的需要，開展對物流服務規范的評審和確認活動。
(3)物流服務提供過程的質量控制重點。物流服務提供過程的質量控制重點是以物流服務運作現場控制為主，在物流服務準備階段進行“事先控制”，盡可能消除可能造成物流服務質量問題的隱患;在物流服務提供過程中進行“事中控制”，實施監測，發現問題及時處理，防止質量問題蔓延;在物流服務提供結束后進行“事后控制”，對已發生的物流服務質量問題分析原因，采取補救措施，防止問題再次發生。
為了保證實施上述服務過程的質量控制，還需要具有相應的質量控制規范。質量控制規范的設計，包括:找到對客戶需求影響較大的關鍵活動作為質量控制點，通過對關鍵活動的分析，選出一些可以測量和控制的質量特性，針對這些質量特性規定評價的方法，最后，建立在規定界限內影響或控制質量特性的手段，以便對服務過程的質量進行有效地控制。